Semarnat publica Acuerdo por el que se da a conocer el Resumen del Programa de Manejo del Parque Nacional Isla Contoy, el cual reúne condiciones naturales excepcionales, ya que es el punto terminal del sistema de arrecifes que bordea la costa oriental de la Península de Yucatán; es una de las pocas islas caribeñas que conserva prácticamente intactos sus ecosistemas terrestres y tiene una excelente representación de vegetación de duna costera y de manglar en buen estado de conservación.- Es también una de las principales zonas de refugio y anidación de aves marinas y en especial, contiene la colonia más importante del llamado pelícano café en la costa atlántica.

El Parque Nacional Isla Contoy se encuentra en el extremo norponiente del Canal de Yucatán, justo en el límite entre el Golfo de México y el Mar Caribe.
Además de las características ambientales, las aguas marinas que circundan a la Isla Contoy son un punto importante de reproducción de especies acuáticas o subacuáticas en peligro de extinción, como la tortuga marina de carey, tortuga marina caguama y tortuga marina verde del Atlántico, tortuga blanca, catalogadas en peligro de extinción, y cuentan también con valiosos recursos pesqueros como la langosta y el escribano, que aportan beneficios económicos a los habitantes de la región.

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